29 января 2010 года в ходе первого заседания президиума Межсоборного присутствия, проходившего под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла в кафедральном соборном Храме Христа Спасителя, утверждены тринадцать комиссий Межсоборного присутствия и их состав.
Комиссию по вопросам богословия возглавил Патриарший Экзарх всея Беларуси митрополит Минский и Слуцкий Филарет. Заместителем председателя назначен архиепископ Верейский Евгений, секретарем комиссии — протоиерей Владимир Шмалий.
Управляющий делами Московской Патриархии архиепископ Саранский и Мордовский Варсонофий утвержден председателем комиссии по вопросам церковного управления и механизмов осуществления соборности в Церкви. Заместителем председателя избран секретарь Московской Патриархии по зарубежным учреждениям епископ Егорьевский Марк, секретарем — секретарь Управления делами Московской Патриархии иеромонах Савва (Тутунов).
Работу комиссии по вопросам церковного права возглавит архиепископ Берлинский и Германский и Великобританский Марк, протоиерей Владислав Цыпин утвержден секретарем комиссии.
Председателем комиссии по вопросам богослужения и церковного искусства назначен митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир, заместителем председателя — наместник Свято-Троицкой Сергиевой лавры архиепископ Сергиево-Посадский Феогност, секретарем — священник Михаил Желтов.
Управляющий делами Украинской Православной Церкви архиепископ Белоцерковский и Богуславский Митрофан избран председателем комиссии по вопросам приходской жизни и приходской практики, секретарем утвержден протоиерей Александр Сорокин.
Комиссию по вопросам организации церковной миссии возглавит архиепископ Нижегородский и Арзамасский Георгий, секретарем назначен протодиакон Андрей Кураев.
Наместник Троице-Сергиевой лавры архиепископ Сергиево-Посадский Феогност назначен председателем комиссии по вопросам организации жизни монастырей и монашества, секретарем избрана настоятельница московского Зачатьевского ставропигиального женского монастыря игумения Иулиания (Каледа).
Работу комиссии по вопросам духовного образования и религиозного просвещения возглавит ректор Киевских духовных школ архиепископ Бориспольский Антоний и председатель Отдела религиозного образования и катехизации Русской Православной Церкви епископ Зарайский Меркурий (сопредседатели). Секретарями комиссии утверждены первый заместитель председателя Учебного комитета Русской Православной Церкви архимандрит Кирилл (Говорун) и руководитель информационно-издательского управления Синодального отдела по делам молодежи иеромонах Димитрий (Першин).
Председатель Издательского совета Русской Православной Церкви митрополит Калужский и Боровский Климент избран председателем комиссии по вопросам организации церковной социальной деятельности и благотворительности, руководитель программы «Круглый стол по религиозному образованию и диаконии (социальному служению) Русской Православной Церкви» М.Б. Нелюбова — секретарем комиссии.
Председателем комиссии по вопросам взаимодействия Церкви, государства и общества назначен митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий, секретарем — ответственный редактор «Журнала Московской Патриархии» С.В. Чапнин.
Блаженнейший митрополит Киевский и всея Украины Владимир избран председателем комиссии по вопросам противодействия церковным расколам и их преодоления. Заместителем председателя утвержден председатель Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата архиепископ Волоколамский Иларион, секретарем — заместитель председателя ОВЦС протоиерей Николай Балашов.
Комиссию по вопросам отношения к инославию и другим религиям возглавит председатель ОВЦС архиепископ Волоколамский Иларион. Секретарем комиссии назначен протоиерей Максим Козлов.
Руководителем комиссии по вопросам информационной деятельности Церкви и отношений со СМИ избран председатель Синодального информационного отдела В.Р. Легойда, секретарем — протоиерей Павел Великанов.
