Позже, в январе 2008 года, Маковкин при заключении договора об оценке 100 процентов пакета акций приватизируемого ОАО "НЭК" представил в распоряжение эксперта недостоверную документацию. Как выяснилось, акции были оценены на сумму в 150 млн рублей при их реальной стоимости более 860 млн рублей.
После этого он в нарушение требований гражданского законодательства заключил с ООО "Торговый дом "НЭК" договор купли-продажи указанных акций по заведомо заниженной стоимости. В ходе следствия было установлено, что единственным учредителем данной компании был сын экс-главы города.
Как отмечается в сообщении, ущерб бюджету города от действий председателя КУМИ составил около 980 млн рублей.
Обвинение Маковкину было предъявлено в августе 2011 года. Приговором суда он признан виновным в превышении должностных полномочий с причинением тяжких последствий. Ему назначено наказание в виде пяти лет лишения свободы условно с испытательным сроком 4 года. Также он лишен права занимать должности в органах местного самоуправления в течение трех лет.